金军退兵袁崇焕位居首功，可袁崇焕没想到功劳没有，却被治罪，朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑。此时皇太极得到袁崇焕被下狱，也设计离间，写了几封信，说袁崇焕与后金军有秘密约定。十二月，朱由检本性多疑，乃将袁崇焕下狱。
魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
袁崇焕之死，崇祯自毁长城，灭国序曲开启。
袁崇焕死后杨博士不再理战事，只是心烦青城派的刺客追杀带着几个妻子一边游山玩水，一边修炼，每到一处景点也只是小住一两个月，玩够了去下一个。
崇祯九年，天聪十年（1636年）五月，皇太极称帝，定国号“大清”，改元崇德，改女真为满洲。其后将主要兵力用于对明战争
崇祯十年（1637）正月，皇太极亲征朝鲜，责其渝盟助明之罪。清军势如破竹连克义州、安州，直逼都城平壤。朝鲜国王李宗惧，率长子及百官遁南汉山，令次子携眷属避于江华岛，向明求援。崇祯命总兵陈洪范调各镇舟师赴援。清军渡汉江，直抵南汉城西驻营。清太宗遣使谕降。未几，李倧知江华岛陷，援兵皆败，二月乃献上敕印，降于清。三月，明军出海。越数日，才知属国朝鲜已降清。
袁崇焕知道皇太极此人善于用兵，心中害怕自己赢不不了，此事杨博士带祖大寿出现，与袁崇焕一道谈论到深夜。
翌日中午时刻，皇太极骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。金军力战祖大寿不下，一边三百伏兵手持杨博士的*花炮打进皇太极军中，皇太极战马受惊，他也被流弹打伤，于是皇太极狼狈撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤后金军千余人，明军死伤惨重。
皇太极恐惧，当年三娘子城之战记忆犹新，当下请出杨博士阵前饮酒闲聊一个晚上，乃退兵，老老实实的去打林丹汗。从林丹汗哪里带走十万人口，十多万牲口。
袁崇焕一战成名，但宁锦之战后，满桂、赵率教等人都得到了应有的赏赐，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的党羽弹劾袁崇焕不救援锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶，袁崇焕感觉到自己受辱。尚书霍维华为此感到不平，上疏乞求辞去荫袭子孙的赏赐，但魏忠贤否决。七月，袁崇焕辞官回乡。明廷以王之臣接替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
天启七年八月，天启帝驾崩，朱由检登基，年号崇祯。崇祯帝登基后嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。奏疏呈上，崇祯帝召见魏忠贤，并罢掉魏忠贤的官，将其发配凤阳安置
崇祯二年（1629年）二月，朱由检命大学士韩爌等人审定逆案，将魏忠贤的党羽尽数逐出朝廷，东林党人又得以重用，然东林党在次把持朝政，否决魏忠贤颁布的工商税，海税，派军队加收对山西陕西河南等地加赋税，最后还将征税扩散到全国。将大明推向亡国的深渊。
崇祯登基，清算宦官当后在朝中大臣的建议下，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务，袁崇焕上朝，夸下海口要五年收复失地，并请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿，何可刚、赵率教等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。
崇祯二年，袁崇焕以尚方宝剑杀毛文龙。十一月，皇太极举兵数十万分别进入龙井关、大安口，袁崇焕布防，然不久遵化、三屯营被皇太极攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。金军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师，令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战。
皇太极当即命大军玩起夜袭，轻取右屯卫城，直奔大凌河堡。
五月十一日，皇太极调整部队，由纵向的前、中、后三队，调整为横向的左、中、右三路，下定决策兵分三路，各自攻击，皇太极亲自率两黄旗和两白旗兵为中路，直趋大凌河城；
大贝勒代善、二贝勒阿敏，贝勒硕讬及总兵官、固山额真等，率两红旗和镶蓝旗的兵马为右翼，直趋锦州城；
然魏忠贤这老无蛋公子在去凤阳的途中，仍带着一批亡命之徒，生怕自己被东林党寻仇加害，东林党官员获悉后捅伤崇祯帝耳朵里，说魏忠贤带着一批杀手图谋不轨，崇祯帝本性多疑，闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。
魏忠贤接到飞鸽传书后自知回京师后难逃一死，行到阜城时，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。朱由检诏令将魏忠贤*，悬头于河间府。将客氏鞭死于浣衣局。
皇太极对锦州来使态度强硬，并给纪用、赵率教写了回书。但是迟不见回复。皇太极知自己中了缓兵之计，当下立即下令攻城，锦州激战爆发。同日，中午，开始锦州攻守激战。当日金军攻城不下，受到重大的损失，后退五里结营。城里与城外，议和与兵锋，尔来我往，交替进行。皇太极初战失利，派人到沈阳调兵增援，就这样，皇太极包围宁远，锦州二十四天，取胜无望，而且损失惨重，乃下令退兵折返去打林丹汗。
离去两天，皇太极突然折兵而反，打的大明一搓手不及，眼看锦州将破。城头上出现了杨博士的身影。
1627年（明天启七年、大金天聪元年）五月初九日，皇太极率兵到了正在重建中的广宁，派出斥候侦察一番后命贝勒德格类、济尔哈朗、阿济格、岳讬、萨哈廉、豪格率护军精骑为前队，攻城诸将率绵甲军等携带云梯、盾牌等器械为后队，亲自同大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰率领大军居中，八旗各部兵分三路，鱼贯而行。
行军中抓到大明斥候，严刑拷打询问后得知屯卫以百人防守，小凌河、大凌河虽修城未竣也有兵驻防，锦州城修缮已毕、马步卒3万人，他最关心的是杨博士有没有参战，卒曰无此人，皇太极大喜。
袁崇焕调蓟镇、宣府、大同等地的兵马出关迎敌。
双方激战，明军无力，退入锦州城，皇太极大军将锦州包围。
五月十二日，纪用和赵率教派官到金军大营，商谈议和。首先，明军对金来犯，缮城整军，治械储粮。金军突然围城，明军准备不足。故，纪用和赵率教遣官往皇太极大营议和，是缓兵之计。
三贝勒莽古尔泰率正蓝旗的兵马为左翼，直取右屯卫。
中路皇太极军逼近大凌河城，当时城池还没有修筑完成，守城兵撤往锦州。左翼莽古尔泰军逼近右屯卫，当时城池也还没有修筑完成，守军逃遁，奔向锦州。皇太极轻而易举取得了大凌河、右屯卫两城后，三路大军会师锦州，距城一里，四面扎营。
皇太极登基之初，1627年（明天启七年、大金天聪元年）五月初六日，金大汗皇太极以明朝在锦州、大凌河、小凌河筑城屯田。
当时明朝野之内对战还是议和分歧严重，另一方面皇太极一用兵打得林丹汗落花流水，林丹汗向大明伸出橄榄枝想联合大明一起抗金，大名方面宦官党主张与林丹汗联合抗金，由于魏忠贤权势滔天，也借口袁崇焕是个人才，上疏道：可与之一战。
皇太极本来想以议和为借口稳住大明而后讨伐林丹汗，这一回他得到情报后以大明没有议和诚意为借口，亲率数万军队出沈阳，举兵向西，进攻宁（远）锦（州）。 袁崇焕得到后金军过辽河的哨报后，立即部署：满桂移驻前屯，孙祖寿移驻山海关，黑云龙移驻一片石。锦州防务：以副总兵左辅统金国奇为左翼，以副总兵朱梅为右翼，平辽总兵赵率教居中调度，贾胜领奇兵东西策应，镇守太监纪用驻锦州。其他相关事宜，做了相应详细的安排。
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